El Hospital San Francisco de Asís apoya distintos proyectos sociales en España y en el extranjero. Algunos de ellos gestionados por las Franciscanas Misioneras de María que trabajan para ayudar a personas que lo necesitan.

También participa en diferentes campañas humanitarias, entre las que destaca su vinculación desde 2003 a la ONG Tierra de Hombres. A través de esta relación el hospital se encarga de la rehabilitación de niños africanos con problemas de salud. Pequeños que son desplazados desde sus países de origen hasta Madrid para seguir distintos tratamientos en el centro hospitalario.

Sin salir del continente africano, el HSFDA colabora estrechamente con el orfanato La Pouponnière en Senegal, situado en uno de los barrios más pobres de Dakar. Cerca de 5.000 bebés de 0 a 12 meses han pasado por este centro en sus más de 60 años de vida. Dentro del recinto se encuentra además el Hogar María Goretti, un centro de acogida de mujeres jóvenes a las que se ofrece una formación y que a su vez colaboran en el cuidado de los pequeños.